Trong 5 năm (2009 - 2013), bệnh viện 199 được Bộ Y tế tặng Bằng khen đơn vị đạt tiêu chuẩn "Bệnh viện xuất sắc toàn diện".[3]Năm 2014, bệnh viện 199 được Chủ tịch nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam tặng Huân chương Bảo vệ tổ quốc hạng 3 cho Bệnh viện 199 đã có thành tích góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ Nghĩa xã hội và Bảo vệ tổ quốc giai đoạn 1999 - 2013 của Lực lượng Công an nhân dân, nhân kỷ niệm 15 năm thành lập Bệnh viện (11/06/1999 - 11/06/2014).

Năm 2020, bệnh viện 199 được nhận Bằng khen của Thủ tướng chính phủ về công tác phòng chống dịch.[4]